Наконец-то, я понял ваши сомнения :)
Какая оценка по физике у вас была в школе? И как вы, даже на школьном уровне не зная классической физики, собрались дополнять модель ядра Резерфорда :)?

Конкретно по нашему уравнению :). Представим его в таком виде:
0 = Eкин + Eкин + (-Gmm/h)

Здесь слева начальное состояние, когда тела покоятся и разнесены на бесконечное расстояние. В этом случае у них максимальная потенциальная энергия, равная нулю.
Надеюсь, вы помните, что гравитационная потенциальная энергия, в общем случае, отрицательна, а ноль больше любой отрицательной величины.

Справа энергия тел, когда их отпустили и они стали притягиваться. Для h равном 100 метров потенциальная энергия, допустим, будет равна минус 1/100, соответственно, канетическая плюс 1/100. Для h равном 10 метрам, потенциальная уменьшится до минус 1/10 (надеюсь, вы знаете, что минус 1/10 меньше минус 1/100), а кинетическая возрастет до плюс 1/10.

Кстати, чтобы поднять тело с 10 до 100 метров, нужно совершить положительную работу:
-1/100 – (-1/10) = 1/10 – 1/100

Так понятно :)?
По поводу отрицательных значений потенциальной энергии - все претензии к Ньютону :)

Может вам и Ньютона дополнить :о)?